La présente étude vise à cartographier, identifier et évaluer l’impact de la pollution sur la qualité des eaux souterraines en milieu rural de la ville de Sebaa Ayoune (Région Fès-Meknès, Maroc). Elle est basée sur l’utilisation des Systèmes d’Information Géographique (SIG) et sur l’évolution spatio-temporelle des paramètres physico-chimiques et bactériologiques des eaux étudiées. Afin d’atteindre cet objectif, nous avons effectué un suivi bactériologique saisonnier pour les années 2016 et 2017, et un suivi annuel pour les paramètres physicochimiques (2016-2017). Les analyses ont porté sur 6 paramètres physicochimiques (turbidité, conductivité électrique, NH₄⁺, NO₃^-, SO₄^2-, Cl^-), et deux germes bactériologiques indicateurs de la pollution fécale (Escherichia coli et les entérocoques intestinaux). Les cartes thématiques de cette pollution montrent un état de bonne de qualité pour la masse d’eau étudiée.