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Cette recherche s’inscrit dans le cadre d’une étude portant sur les mécanismes de gestion de la pandémie de la Covid-19, dans le continent africain. A travers une étude qualitative, menée auprès de l’organisation humanitaire Médecins Sans Frontières (MSF), cet article essaye d’appréhender le mode d’organisation et de gestion des activités logistiques dans le cadre de cette crise sanitaire dans un pays en développement comme le Cameroun. Les résultats montrent que,  MSF Cameroun a repensé ses pratiques logistiques, en procédant à des changements organisationnels pour faire face à la menace : modification du processus d’approvisionnement, réaménagement de la configuration de la flotte automobile avec un accent particulier sur l’aspect hygiène et distanciation physique du personnel.  De même, notre étude révèle aussi quelques difficultés rencontrées par cette organisation dans la gestion de cette crise.