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Au niveau de la région de l’oriental du Maroc, de nouvelles coopératives commencent à s’installer et sont actives dans la transformation technologique des agrumes. Les pépins issus de ces procédés de transformation restent sans valorisation. Cette étude porte sur la caractérisation physico-chimique d’huiles de pépins des fruits de 3 espèces d’agrume Citrus limon (Citron), Citrus aurantium (Bigarade) et Citrus clementina (Clémentine), cultivées au niveau de la région de l’oriental du Maroc. Les huiles de pépins sont extraites mécaniquement par une presse à huile de type vis sans fin, le rendement en huile, l’acidité, les indices de qualités (d’indice de peroxyde, de saponification et de réfraction), la teneur en polyphénols, l’activité antioxydante ainsi que le profil des acides gras ont été déterminés. Le rendement d’extraction par pressage varie entre 15 % pour l’huile de pépin de Bigarade et 29 % pour huile de pépin de Citron. Pour les 3 huiles de pépins étudiées, l’acidité, l’indice de peroxyde, l’indice de saponification et indice de réfraction varient entre 0,55-0,57 % d’acide oléique, 5,77-10,34 meqO₂/kg d’huile, 116,67 et 173,53 mg KOH/g et 1,4699-1,4718 respectivement. La teneur en polyphénols change de 565 à 913 mg d’acide caféique/100g d’huile et le pourcentage d’inhibition s’oscille entre 30 et 50 %. Les profils des acides gras, des huiles de pépin d’agrumes analysées, présentent 5 principaux acides gras avec la dominance de l’acide linoléique (C18 :2) dont les teneurs sont 34% pour les huiles de pépin de Clémentine et de Citron et 35,5% pour l’huile de pépin de Bigarade.